本中心前身為水產養殖檢驗服務中心，於民國72年初建立，創辦之初，服務項目為冷凍鰻魚各項藥物殘留及衛生條件檢驗，於民國95年10 月更名為「農水產品檢驗與驗證中心」，設置有行政與檢驗、驗證評估等三個部門，於民國96年通過全國認證基金會(TAF)之認證，為高高屏地區第一家產銷履歷農產品驗證機構，又於97年初通過TAF國際標準ISO/IEC 17025測試與實驗室之認證，執行政府及民間委託檢驗分析業務。